Plataforma Espacial Multiômica

Nas últimas décadas, a ciência avançou de forma extraordinária com o desenvolvimento de tecnologias capazes de estudar nossos genes e como eles se expressam nas células. A genômica permite identificar o conjunto de genes de um indivíduo, enquanto a transcriptômica analisa os RNAs – ou seja, quais genes estão “ativos” em determinado momento em uma célula.

Mais recentemente, surgiu uma inovação ainda mais poderosa: a transcriptômica espacial, também chamada de biologia espacial. Essa tecnologia permite analisar a atividade dos genes preservando o local exato onde cada célula está no tecido, revelando uma espécie de “mapa molecular” que une a morfologia do tecido com sua atividade genética.

Imagem4 — Imagem de fluorescência de tecido FFPE exibida na interface do GeoMx® DSP durante a seleção de regiões de interesse (ROIs) para análise transcriptômica espacial.

O Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR) conta com uma das técnicas mais modernas do mundo para esse tipo de análise, combinando diferentes tecnologias de ponta, como o sequenciamento de nova geração (NGS) e as plataformas nCounter® Analysis System e GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP). Esta última é atualmente a única em funcionamento na América do Sul com suporte técnico completo e equipe especializada.

A plataforma oferece suporte a pesquisadores de diferentes áreas, promovendo descobertas em câncer, doenças renais, neurociências, imunologia e outras especialidades. Nosso compromisso é viabilizar pesquisas de alta precisão que ajudem a transformar o conhecimento científico em avanços concretos para a saúde.

Nossos serviços

Sequenciamento Massivo (NGS – Next Generation Sequencing)

Tecnologia de alto rendimento que permite o sequenciamento simultâneo de milhares a milhões de fragmentos de DNA ou RNA. Indicada para estudos de:

Transcriptoma total (RNA-Seq)
Análise de expressão gênica
Variantes genéticas e mutações
Metagenômica e microbioma
Epigenética (methyl-seq, ATAC-seq, etc.)

nCounter® Analysis System

Plataforma robusta e altamente sensível para quantificação direta de RNA, DNA e proteínas, sem necessidade de amplificação. Aplicações incluem:
Análise de expressão gênica direcionada (painéis imunes, inflamatórios, oncogenéticos etc.)
Perfis de assinatura molecular
Estudos de biomarcadores com alta reprodutibilidade

GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP)

Tecnologia inovadora de transcriptômica espacial que integra expressão gênica e localização histológica, permitindo:

Análise morfológica e molecular simultânea em amostras FFPE ou congeladas
Perfis transcriptômicos e/ou proteicos em regiões específicas do tecido
Investigação do microambiente tumoral, inflamação, remodelamento tecidual, entre outros
Integração com imagem (H&E, imuno-histoquímica e fluorescência)

Todos os serviços contam com suporte técnico especializado, consultoria experimental e auxílio na análise de dados, garantindo rigor técnico e qualidade científica em todas as etapas do seu projeto.

Imagem1 — Equipamentos GeoMx® Digital Spatial Profiler e nCounter® Analysis System localizados na unidade Jabaquara do IDOR-SP — tecnologias complementares para análise espacial e quantificação de ácidos nucleicos e proteínas com alta precisão.

Imagem2 — Equipamento GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) em operação na Plataforma de Transcriptômica Espacial do IDOR-SP, unidade Jabaquara — tecnologia de ponta para análise molecular

Imagem3 — Equipamento GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP) em operação na Plataforma de Transcriptômica Espacial do IDOR-SP, unidade Jabaquara — tecnologia de ponta para análise molecular

A Plataforma de Transcriptômica Espacial é uma iniciativa do IDOR em parceria com a Patologia Molecular da Rede D’Or, voltada à análise molecular avançada de tecidos e células, com foco na compreensão de processos biológicos em seu contexto espacial.

Localizada no IDOR-SP, unidade Jabaquara, a plataforma é um centro de excelência que conta com uma equipe multidisciplinar altamente qualificada — composta por cientistas, bioinformatas e especialistas em tecnologias ômicas — dedicada ao avanço da ciência translacional.

Atuamos em colaboração com grupos de pesquisa acadêmicos, clínicos e da indústria, oferecendo soluções integradas e tecnologias de ponta para estudos nas áreas de oncologia, imunologia, nefrologia, neurociências, doenças infecciosas, entre outras.

Nosso compromisso é viabilizar projetos de alta complexidade com rigor técnico, inovação e impacto científico real.

Imagem5 — Imagem de fluorescência de tecido FFPE exibida na interface do GeoMx® DSP durante a seleção de regiões de interesse (ROIs) para análise transcriptômica espacial.

Imagem6 — Imagem de fluorescência de tecido FFPE exibida na interface do GeoMx® DSP durante a seleção de regiões de interesse (ROIs) para análise transcriptômica espacial.

Como a plataforma é utilizada:

Pesquisadores interessados em utilizar a plataforma podem seguir os seguintes passos:

1. Contato Inicial
Envie um e-mail para nossa equipe técnica com uma breve descrição do seu projeto, hipótese científica, tipo de amostra e objetivos do estudo. Nosso time irá agendar uma reunião de alinhamento técnico. E-mail: [email protected]

3. Orçamento e Cronograma
A equipe da plataforma fornece um orçamento detalhado, cronograma estimado de execução e orientações sobre envio e preparo das amostras.

5. Entrega e Suporte
Os dados são entregues com relatório técnico, imagens, arquivos brutos e suporte para interpretação científica e preparação de figuras para publicação, se necessário.

2. Reunião de Planejamento
Realizamos uma reunião (presencial ou online) para discutir o desenho experimental, tecnologias mais adequadas, quantidade de amostras, controles, estratégias de análise e viabilidade técnica.

4. Execução do Projeto
As análises são realizadas conforme o plano acordado, com acompanhamento contínuo. Também oferecemos apoio na análise de dados e interpretação dos resultados.

Projetos em andamento:

Análise da contribuição de macrófagos FOLR2+ na formação de estruturas linfoides terciárias no câncer colorretal: Tese de doutorado de Kianni Freitas sob orientação do Dr. Rodrigo N. Ramos, no IDOR. Projeto FAPESP: 2024/14683-7
Avaliação espaço-temporal do perfil transcriptômico de macrófagos FOLR2+ no câncer colorretal: Tese de doutorado de Emmanuelle Quagliato sob orientação do Dr. Rodrigo N. Ramos, no IDOR. Projeto FAPESP: 2023/08221-8
Caracterização de células mononucleares provenientes do sangue periférico de pacientes com mieloma múltiplo. Dissertação de mestrado de Viviane Jennifer sob orientação de Rodrigo N. Ramos no LIM 31 – Hospital das Clínicas, Faculdade de Medicina Universidade São Paulo – HCFMUSP
Macrófagos FOLR2+ como imunomoduladores durante o início da carcinogênese: uma abordagem molecular e espaço-temporal. Projeto FAPESP Jovem Pesquisador: 2024/04450-5

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