As categorias dos cursos de pós-graduação stricto sensu, reconhecidos pela CAPES, são mestrado acadêmico, mestrado profissionalizante e doutorado. Têm caráter regular, com emissão de diploma, e visam formar professores, profissionais diferenciados, além de pesquisadores.

Desde março de 2017, o IDOR oferece o CURSO DE DOUTORADO EM CIÊNCIAS MÉDICAS, área de concentração: Medicina Clínica e Translacional, recomendado pela CAPES. Reafirmando seu compromisso com o ensino de excelência e consolidando o planejamento e as estratégias de ensino, o Programa se apresenta como um desdobramento natural das atividades de ensino e pesquisa, atestando a maturidade do Instituto, que conta com pesquisadores de excelência e infraestrutura de ponta para admissão e desenvolvimento de seus discentes.

O Curso de Doutorado do IDOR tem um intenso foco multidisciplinar que se traduz pelas diferentes áreas de trabalho dos docentes e por se propor a receber alunos de diferentes formações profissionais, promovendo, através de suas linhas de pesquisa e da proposta curricular, uma sólida formação na pesquisa clínica e translacional.

Várias parcerias e colaborações em trabalhos de pesquisas e projetos de teses nas áreas de neurociências, neuropsiquiatria, medicina interna, radiologia, oncologia, pediatria e terapia intensiva são desenvolvidas pelos pesquisadores do IDOR junto aos Programas de Pós-graduação de Ciências Morfológicas (PCM), de Clínica Médica, Psiquiatria e Radiologia da UFRJ, de Ciências Médicas da UERJ, de Oncologia do INCA e de Pesquisa Clínica da FIOCRUZ.