Quando o assunto é tecnologia, o Hospital São Rafael está sempre na vanguarda e oferece aos seus pacientes assistência com o que há de mais moderno em relação aos equipamentos médico-hospitalares.
O São Rafael foi o primeiro hospital a oferecer, por exemplo, terapias como a litotripsia extracorpórea e um dos primeiros a instalar equipamentos de alta tecnologia como acelerador linear, ressonância magnética e tomógrafo computadorizado. No Nordeste, foi o primeiro a adquirir o PET/CT, para o diagnóstico precoce do câncer. Na Bahia, foi o hospital responsável por iniciar o tratamento a laser para tumores da próstata por meio da aquisição do Green Light HPS.
E não parou por aí: em 2014, o Laboratório de Análises Clínicas do São Rafael adquiriu uma tecnologia inovadora na área de Microbiologia, o MALDI-TOF, equipamento que utiliza a metodologia de espectrometria de massa (MALDI-TOF MS), anteriormente utilizada apenas em laboratório de pesquisa, para agilizar a emissão de laudos microbiológicos e permitir a identificação precoce de microrganismos clinicamente relevantes (bactérias e fungos), em até dois minutos após isolamento.